В Константинополе до XIV в. хоры освещались проемами только одного купола. Храм Панагии Халкеон имеет и более существенные отличительные особенности. Таково соотношение подкупольного пространства и примыкающих к нему объемов: купол с его высоким барабаном составляет целую треть всей высоты здания.
Таких пропорций мы не знаем даже в архитектуре Константинополя того времени. Ярко выраженная устремленность ввысь центрального объема отчетливо выступает и снаружи, что подчеркивают острые фронтоны северной и южной ветвей здания. Тенденция к усилению вертикали в фессалоникском храме выражена сильнее, чем в столичных церквах.

Другая, не менее примечательная особенность Панагии Халкеон — пластичность и богатство всех его фасадов, причем выступающая в более развитом виде, чем в византийской столичной архитектуре того времени.

Эту пластичность создает глубокая расчлененность фасадов сильно выступающими уступчатыми в профиле лопатками, которые делят стены соответственно внутренней структуре храма на четыре звена (три части крестово-купольного храма и нартекс).