Базилика Святого Иоанна была крестообразной и имела крышу с шестью массивными куполами. Капиталы, стоящие перед нефом (центральный проход), имеют монограммы Императора Юстиниана и его жены Теодоры (Theodora). Текущий вход приводит в базилику через южный трансепт. Первоначально, вход проходил через внешний атриум внутреннего двора, который приводил прихожан через нартекс в дальний конец нефа.

Кирпичные фонды и мраморные стены были частично восстановлены; если бы они были полностью восстановлены, то собор был бы седьмым по величине собором в мире. Более свежие раскопки к востоку от апсиды раскрыли баптистерий и центральный бассейн, наряду с приложенной часовней, покрытой фресками, изображающими святых.