Мозаики апсиды датируются с 6-ого столетия и содержат изображения двух сцен, которые перетекают друг в друга. Наверху расположено интересное символическое описание Страстей Христовых (Матвея 17:1-9, Марка 9:2-8, Луки 9:28-36). Христос представлен золотым крестом на звездном синем фоне, в то время как три апостола, которые присутствовали в Страстях Христовых - Петр, Иаков и Иоанн - представлены ягнятами. Обрамление креста на фоне золотых небес и окрашенных в предзакатные цвета облаков являются фигуральными описаниями Моисея и Илии, с указанием их имен. Большой крест украшен мозаичными драгоценными камнями и депрессией Христа в центре. У этой мозаики есть латинская надпись в ее основе - SALVS MVNDI, "Спасение Мира" и греческая надпись наверху: IXΘYC, это означает "рыба" на греческом языке и является также анаграммой имен Христа: "Сын Бога Иисус Христос Спаситель". Ниже этой сцены расположено изображение тезки базилики, Святого Аполлинария, под которым находится надпись SANCTVS APOLENARIS. Он "одет" в белый далматик и фиолетовую тунику, которая вышита пчелами, что символизирует красноречие. Он показан в позе молящегося человека, просящего от имени своей паствы, которая представлена ниже в виде ягнят. Это - первый известный пример выбора темы для фрески кроме Христа для художественного оформления апсиды. Вокруг святого мягкий зеленый фон, в виде скал, птиц и растений. Среди растений много сосен, которые могут все еще быть замечены за стенами церкви. Задняя стена апсиды между окнами имеет мозаичные портреты четырех епископов Равенны: Северия, Экклесия, Урсия и Урсиния. Мозаики на стенах по сторонам апсиды датируются 7-ым столетием. Левая стена пресвитерии содержит изображение Императора Константина IV Погонатия и его братьев Гераклия и Тиберия, вручающих "Priviliges" Reparatus, делегату Епископа Маврию (671-677 гг.). Правая стена содержит изображение трех фигур из Ветхого Завета, которые приносят жертву Богу: Абель с его прекрасным ягненком, Мелхиседека за столом за ужином, и Авраам со своим сыном Исааком.